悖论引擎的主要武器为以前二后一的布局搭载在主舰体两侧副舰体下部的共6座MK-11“三连星”三联装381mm折射棱镜组。作为光束武器,这种先进舰炮没有身管,仅靠内置的调谐器就能射出笔直的高能光棱束;从盟军在其陆地力量中大量采用的光棱坦克的“彗星”主炮发展而来的“三连星”顾名思义,就是将三座经过功率增强和结构重新设计以适应高能级光棱束发射需求的“彗星”折射棱镜并联在一起,并为这一组合体配备统一的制式电源和机电设备(以及同样重要的系统整合)。虽然本质上仍然是“彗星”折射棱镜的并联,但由于换装了高能电池和改良了硬件结构,其威力远远凌驾于普通的“彗星”之上,据计算,悖论引擎的6座三联装“三连星”棱镜组共54座棱镜一次照射的强度可达到“国家点火装置(NIF)”超强激光器的能级。拥有充沛舰内空间容纳高能电容的优势使得“三连星”折射棱镜组拥有12发/分的射速;
有效射程可达1000公里。
除安装新颖的“三连星”折射棱镜组作为主炮外,悖论引擎还装备有13座AGS双联装155mm电磁轨道炮,并采用舰首1座,主舰体前四后四(侧舷各二),副舰体前二后二的布局进行布置。这种从AGS(Advanced Gun System,先进舰炮系统)发展而来的双联装155毫米电磁舰炮采用欧盟提供的基于低温分子束外延技术而大量生产的锡基石墨烯蜂窝量子拓扑材料(反迈斯纳磁体)制作电枢加速段,采用75倍径155mm口径身管;拥有24发/分的射速;高达30马赫的炮口初速使得其有效射程可达650公里,若使用增程型炮弹极限射程可达860公里,配合加装氮离子装药的炮弹能够给敌方部队以前所未有的打击。