短篇集《凉宫春日的动摇》将前篇的许多线索串连了起来。《朝比奈实玖瑠的忧郁》是这篇合集的收尾,与接下来的时间系列长篇小说《凉宫春日的阴谋》有直接的关联。
故事发生前,阿虚、长门和朝比奈已经回到过去(《凉宫春日的消失》)拯救了世界。相关剧情在本篇只是一笔带过,在下篇《凉宫春日的阴谋》里有详细描写。
寒假结束后的天气依然很冷。阿虚放学后照例前往社团教室,但敲门后没有收到往常的回应,开门后发现朝比奈实玖瑠独自坐在社团教室里发呆。朝比奈回过神来,想对阿虚讲一些话,不巧长门有希也来到教室。后来二人去楼下提水,在饮水间里,朝比奈约阿虚星期天出去买茶叶。