我在港区里当指挥官：指挥官生涯的开始，白发少女竟是白鹰阵营的领导人。（主线）

塞壬从未来回到现在，科技水平远超人类，因此很快就控制了大部分的海域。为了对付这个空前强大的敌人，人类放下过往的恩怨联合起来组成一个和塞壬作战的组织，碧蓝航线。他们勇敢的和塞壬战斗。
人类科学家运用从塞壬那里缴获的技术，成功研制出让舰船有了自己的意识和人类相同的外形的技术，使人类的战斗力有所提升。由于通过这种技术舰船的外形，大多以女性为主，于是人类把她们称为舰娘。并建立海军学校培养指挥官，指挥她们和塞壬战斗。
我叫秋风，是海军学校的一名毕业生，我被碧蓝航线总部派去接管21号港区。
今天是我去21号港区报道的日子，由于我居住的地方离港区比较远。我早早的起床，穿上碧蓝航线下发指挥官的工作服之后拿上行李箱和入职文件，坐上前往21号港区的车。
在经历几小时的车程后，终于是到21号港区。我拖着行李箱缓缓走进港区的大门，心里既激动又紧张，激动是因为即将开始自己的指挥官生涯，紧张是因为自己有一点点社交恐惧症，不知道该如何与舰娘们相处。