内战

小智在12年前所组织起来的神奇宝贝大联盟，如今居然会出现了内战的走向！
而这一切的要归咎于爱丽丝过于相信一个来自平行世界叫做远海的种种毫无根据性的“预言”，爱丽丝凭借着那些不确定的预言，把它凌驾于一切之上。爱丽丝这样的行为自认为是在守护一方和平，但是在其他人的眼中这完全就是在——独裁！
终于，小智带领着关都联盟和卡洛斯联盟组成了反对派！爱丽丝组建了合众联盟和神奥联盟组成了预言派，大家都在为自己的未来的道路大打出手！
小智拿出路卡利欧对战爱丽丝的三头恶龙！这一次双方似乎都忘了过去了情分而大大出手！不过好像大家其实都没有使出过全力，小智只想着停止爱丽丝这一错误的独裁行为；爱丽丝想向大家证明自己所建立的司法体系没有出现任何问题，而小智的不屈不挠就是自己建立的体系的最大障碍！
爱丽丝：“小智！我是真的没想到你会做得这么绝！这么狠！这可是你先发动的战斗！”
小智：“你应该早就有所觉悟！在小霞和阿戴克先生牺牲的那一刻，就会演变成这样。我们都给过你改过自新的机会了，一旦你停止你的行为的话。一切都可以回归最开始，但是······你让我们很失望！我问你！那小子在哪儿？”