决战赤日，小智的秘密武器

在所有人的艰苦奋斗下，神奇宝贝联盟终于粉碎了新银河队！但是最最只要的人赤日却不见了踪迹，而且被银河队成功抓住的凤王也不知了去向。眼下的当务之急是将凤王释放出来。
不过随着事情的进展来到了最后，真相也终于浮出了水面——
就在近10年前小智决定独自旅行调查各地区的恶势力组织的活动时，当时的建伍在华丽大赛上屡次都会在最后一刻败北。建伍自身也是非常的努力，但是如果没有什么好的结果对建伍自己也是一种打击！建伍就试着转换人生的方向。也许换一个环境会更好，于是建伍向神奥联盟提交了神奥联盟联合调查组组长的申请，建伍也是突破了一系列的测验最终成功的任职了。
就在建伍任职没多久的时候就在神奥的看守所里遇见了之前银河队的骨干成员——瑱星！距离赤日的新世界计划已经过去了15年了，擅于操弄他人内心心理情绪的瑱星得知建伍心中的阴暗的一面。并且瑱星承诺了建伍，只要放他们出去重新找到当时赤日所创造的新世界那里，不但可以帮助建伍再创造一个专属于他的新世界，而且还可以执行他们心中的那一个理想的世界。不过条件就是要帮助银河队崛起后推翻现在联合起来的神奇宝贝大联盟，而且还有让他们心中共同憎恶的人付出代价，而这个人就是现任神奇宝贝大师——小智！