也许并不是完美的故事

墨暇养的猫是京哲送过来的，所以即使无法相见，京哲也确实见证和陪伴了她的成长，是最了解她的人。
项羽然、萧楚还和安雨轩在光源的学院生活随着古武库大门的开启结束，三人灵都一行了许多人，萧楚还更是因为向来不和的束子彻为了救他丧命，精神成长了许多，不再是单纯的少年。
安雨轩在温泉遇见找他的京哲，交谈了灵魂的问题，在对待炼金术的看法上产生了分歧。
拔刃，拔出传承之刃的是萧楚还，驾驭了它力量的是项羽然。
天狩发动灵术筑起奈落阁，形成领域灵术“将棋”
天狩夺取传承之刃
八枢会谈决定进攻奈落阁
奈落阁被破，首领千骨辰战死。
以太学会的安如山联手京哲人偶，想要探寻炼金术师的真理，却在最后被京哲杀死。（灵枢真正强大的是什么，是大枢主念玄，亦或者是其他的八位枢主？都不是，是它近千年来在灵域大地巩固的正统性，它的背后有八个大域在支持，无论在什么情况下，以个人的力量试图撬动国家都是愚蠢，这样的行为等于是飞蛾扑火，以卵击石。）
安雨轩扫墓纪念父母
京哲人偶的目的一是资料，而是考量安雨轩，既然如此，自然要以炼金术决胜负，故意露出了破绽。
展现灵法，击败人偶
念玄给项羽然的凤翎设下十字结封印，见完苏紫无留下后手，在萧长空的线索下和夸祖蓝及融天前往项域，探天狩底细，与京哲决战，败北，结果夸祖蓝战死，融天被蒙鬼斩断双腿。
与此同时项羽然戴上被封印的凤翎前往起源之地，进阶战御之灵，凤翎也得以解放，过程中偶遇浪人信先生，刀术更进一步。
萧楚还前往风源在风寻的指导下修行，学会风神之枪全部招式，并渐渐融入了自己的风格，安雨轩在灵都学习，灵法的使用逐渐熟练，炼金术更是达到顶级之上的水平。
久别的三人于温泉重逢，后听安雨轩解说，项羽然于融天处得知了当年项羿的经历，最终理解了父亲。
京哲先是杀死了念玄，又达成了已经再见妻子的愿望，最后为了完成心愿后愈发感到人生虚无，本身就是反社会的毁灭性人格，最后同时挑战灵枢和天狩。说道人类真是愚蠢，总是重复着无异于的争斗。在领域内给予同等的死亡，
墨暇以占星律的演算反杀玲音，后用纵星律将指定对象定为天狩，实现了自己完成他人心愿的愿望，为了完成最后一个愿望也是项羽然和自己共同的愿望（想你留在身边），以诞星律创造出可能性。
在墨暇强烈的心意下，项羽然联手念玄（灵魂复苏回归），战胜了京哲，使其决定完成最后的论证（墨暇灵魂的固定）。念玄对项羽然表示歉意，说出其实他一直是自己的骄傲，项羽然也笑着回应，如果自己有了学生一定会更加温柔对待他。
念玄微笑而终。
墨天明在最终战中为保护项羽然而死，实现了对项羿的承诺，云岚因为功绩和实力，成了天狩猎人长中少数的幸存者，行踪不明。
几年以后，项羽然，萧楚还入灵枢总部任职，为日后打基础，不同的是，项羽然选择了挂名的火之枢主兼天字枢使，于灵域游历督察，过上了向往的自由生活，安雨轩太灵学院当上了教师，后任职第一百四十一任校长，兼灵枢顾问，代行项羽然火之枢主的绝大部分权利，辅佐成为枢主的萧楚还。