小智vs建伍，波克兰蒂斯的复苏

神奥联盟的研究基地被银河队攻打沦陷了，而且在翔太的猜测和随后发生的各个事件可确定小光的青梅竹马——建伍是叛徒！建伍投奔了新银河队。大家也借此机会查到了新银河队的背后还有更大的阴谋，而小智的忍耐也达到了极限，于是决定自己亲自去找建伍算账！
小智让翔太先回去，小智一个人去找建伍，而小智却不知道现在建伍并不在他现在的分基地内。这一次小智并没有偷偷的潜入进去去寻找建伍的踪迹，反而是光明正大的在银河队的分基地里若无其事的走动。
在走廊中工作和巡逻的银河队的成员发现了小智正在向这里走来，面对人称最强的神奇宝贝训练家正在向自己靠近，大家立刻就警觉了起来。先开始他们发现小智后，小智每往前走一步这些人就会往后退一步，不过他们依旧将神奇宝贝球握住手中准备战斗的样子。
小智也慢慢的将手别再腰间，用警告的语气对他们说道：“我是来找建伍的，跟其他没有关系！都给我让开——顺我者昌逆我者亡！”
这些人先是呆住了一下，不过还是拿出的自己的神奇宝贝与小智对抗。小智在自己口头警告无效以及他们已经做好战斗准备的前提下也拿出了神奇宝贝：“喷火龙、皮卡丘就决定是你们了！”
就在这时建伍身处波克兰蒂斯的遗迹处，注意到了一处废墟堆内有什么在发出紫光的东西。建伍只是一时好奇走过去看了看，好像这里似乎埋藏了什么东西，建伍拿出了自己的神奇宝贝胡地用念力绝招将这些废墟移开了后看见了一个很奇怪的圆形球体，从外观看起来不像是什么神奇宝贝球的样子。
但透过刚刚的那道紫色光芒，再加上什么有一些奇奇怪怪的古文字建伍也不难猜到什么。
建伍：“难道说这个东西和银河队所说的波克兰蒂斯有什么关系？”
就在建伍要伸手去拿眼前这个未知的物品的时候，在建伍耳机中传来的非常激烈的打斗声打断了建伍的动作，激烈的战斗声几乎快要震聋了建伍的耳朵。建伍听到了这类异常的声音就不由自主的想去确定情况，建伍对着自己的通信系统：“怎么回事！发生什么情况！”
“建伍！” 从建伍的通讯中传来了小智的声音。
小智从对方的身上抓来了一个通话机：“我在这儿！你的基地里，快点过来吧！”
小智说完后将手中的通话机摔在地上后继续前进，从小智的背后看去——一路下来有许许多多穿着新银河队的制服的人和神奇宝贝都倒在了地上失去了活力，四周的天花板和墙壁也都是伤痕累累、坑坑洼洼的。
建伍听到了小智对他的宣战后，从这个球体面前退后了几步然后笑着说道：“假如你（指眼前的球体）是波克兰蒂斯的话，那就请你看着吧！我也要在这里击败我这一生最大的敌人！”
随后建伍向自己的基地内的所有成员传话：“给我听着！所有（小智所在的）基地里的银河队的人都不许动小智一根汗毛！快锁定我的坐标位置，让我的对手迎接他的命运吧！”
另一边翔太回到了神奥联盟总部内向所有人汇报了情况——