《三体》三部曲中最明显的设定漏洞和情节漏洞

【bug1】三体星系三颗恒星的运动真的是无规律的吗？
实际上我们的太阳系的天体也可以视为无规律的，前提是你把观测时间设定为数十亿年，然后把数十亿年内的天体运行动画在数分钟内播放一遍，那么你会看到太阳系天体的运行是杂乱无章的，难以预测的。
这里涉及到的就是变化频度的问题，如果三体人的生物节律和反应速度慢到数十万年才有一次神经反馈，那么它们确实会认为三体星系是三星乱行，难以预测的。
但问题是，已知的所有天体的运转变化频度，对于我们人类的反应速度来说，都是缓慢的。
我们当然能预测它们的短期行为，事实上按照天文常识来说，难以预测规律的高频度移位的三恒星星系是不可能存在的，或者说它即使曾经存在也会在很短时间内演变为某种稳定模式，而已知天体系统全是稳定模式的。
小说中三星乱行的设定，除了在《三体1》中汪淼参与的三体游戏、伊文斯从三体人那里得到的28G硬盘资料有提到之外，就是小说中斐兹罗将军观看三体星系的星空照片，星空照片算是最直接的证据证明刘慈欣在小说中设定的三体星系违反天文学常识。
在本作（《三体4》）中，这个违反天文学常识的设定被修正，由于原系列小说《三体》中设定三体星系距离太阳系约4光年，刘慈欣应该是参考了现实中存在的半人马座三合星，所以在本作中将三体星系修正为半人马座三合星（现实中的半人马座三合星就是本作《三体4》中所说的双恒星互相绕转组成双恒星系，另有单恒星系围绕这个双恒星系转动，但本作中对于半人马座三合星系的行星系统的设定是架空的，并无现实资料支持，但设定属于符合天文常识的想象）
【bug2】智子能通过量子纠缠进行超距通讯吗？
在《三体》三部曲写作的时代，量子纠缠通讯尚无定论，但只在几年后，新的科学研究就彻底否定了量子纠缠可以超光速通讯的可能，而且原作对于量子纠缠通讯的说法也不正确，即使是在《三体1》写作之前，科学家也已经知道量子纠缠通讯每通讯一次就要重新制备纠缠粒子，而同一个智子（本体为质子）不能维持超过一次通讯的纠缠特性，疑为作者刘慈欣当年对量子纠缠的误解所致。
因此在本作《三体4》中，智子的通讯方式被设定为星门技术（星门技术尚有很多科学上的可能性，例如本作中提到的这种不违反相对论的情况）。
此外，《三体》原系列中对于智子的设定过于奇幻化，其中最显著的问题就是智子的动力问题，作者刘慈欣显然误会了真空零点能的使用限制，忽视了能量守恒定律并不是【可以先借再还】这一点。
此外智子的移动需要遵守动量守恒定律，它需要辐射其他粒子来变速或变向才行。
另外，智子（质子）是可以很容易用电场屏蔽的，这是原作设定的一个重大疏忽，地球人不可能没有尝试过用电场屏蔽智子，而若是如此，智子根本不足为惧（可以很容易用电磁场势阱俘获之）。
智子干扰物理实验也是个问题颇多的设定，作为微观粒子，能干扰物理实验的可能只有一个，就是作为炮弹粒子或靶粒子参与对撞，那么智子将会在高能实验中被摧毁，小说中所说的智子碎片能够智能重组更显然是犯了一个把微观粒子想象成宏观物体的错误。