刺客信条代行者们的前世今生——艾吉奥-2

两年之后，正当艾吉奥度过他28岁生日那天，他得知圣殿骑士的船从塞浦路斯带回了一个神秘货物。乔装成其中一个护卫，艾吉奥通过追踪包裹，最终在此遇到了Rodrigo Borgia，而且艾吉奥还得知了这次的货物的真面目：伊甸的苹果，根据阿泰尔手抄本的预言，此正是与其中一个“先知”沟通的重要物品。随后艾吉奥与Borgia展开战斗，但这场战斗却被其他的刺客的乱入所打断，Mario，Antonio，Paola，Teodora，La Volpe和Bartolomeo一起出现并保护了苹果的安全，而他们也一一揭开他们的真实身份，并最终在众人和Niccolò Machiavelli的见证下，艾吉奥终于正式成为了兄弟会的一员。
仪式完结后，Machiavelli带着艾吉奥回到佛利城，并希望把伊甸的苹果藏匿于此以便他们的盟友Caterina Sforza对其进行保护，但当艾吉奥到达那里，发现整个佛利城正遭受Checco和Ludovico Orsi兄弟所带领军队的攻击，正当艾吉奥和Machiavelli与军队对抗的时候，Ludovico成功偷取了苹果，逼迫艾吉奥只能去追他，虽然最终艾吉奥还是捉住并杀死了Ludovico，但他也严重受伤并垮掉，而在他晕倒之前，Girolamo Savonarola出现并在他面前夺走了苹果……
不久之后，西班牙兄弟会分支的其中一个刺客Luis de Santángel找到艾吉奥并希望他能帮忙，艾吉奥同意了他的要求并去保护哥伦布（Christoffa Corombo），避免他横越大西洋的航行被圣殿骑士的间谍所终止。与此同时Luis告诉艾吉奥，有一个被圣殿骑士操纵的检察官: Tomás de Torquemada正攻击着西班牙当地刺客。为此，艾吉奥前往西班牙，拯救了数个刺客并最后确保了哥伦布的舰队成功开始了它的旅程。
事情完结后艾吉奥返回意大利继续寻找伊甸的苹果。1497年，他回到了佛罗伦萨，在那里他发现Lorenzo de' Medici已经被Savonarola杀死，而后者更是取代了前者的位置，开始用苹果操纵着民众，而艾吉奥的前恋人Cristina Vespucci和他丈夫他也被Savonarola所操纵的暴民给谋杀。在Machiavelli的帮助下，艾吉奥开始了解放Savonarola所控制的佛罗伦萨的计划。首先刺杀了Savonarola的副官，然后把苹果从他身边夺回来。脱离了苹果的控制人民立刻调转枪头攻击这死僧侣并准备用火活活把他烧死，但艾吉奥给了他一丝仁慈，在他被烈焰触碰前就把他给解决掉了……