这部电影主要讲述了肖恩的爷爷神秘失踪2年后,17岁的肖恩突然收到一组发自无人知晓的神秘岛密码求救信号,他认为这是失踪两年的爷爷——亚历山大,发给他的。肖恩就被迫和妈妈现任的男友,也就是他的现任继父——汉克,一起前往这座神秘岛,去寻找他失踪的的爷爷。他和汉克以及铤而走险的直升机驾驶员嘎巴托和他美丽又坚强的女儿——凯兰尼一同踏上了南太平洋之行。他们最后被龙卷风卷到了最终目的地——一个风光旎丽、有着各种珍禽异兽和会喷金子的金火山的神秘岛。这里非常神奇——大的动物变的很小,小的动物变的比人还大,整个弱肉强食的世界颠倒过来了。