采购决策复杂化。第三,一个区域自由贸易协定并不将成员国经济对全面的国际竞争开放,而是只对成员国开放。而这些成员国并不一定是某些商品和服务最有效和最有竞争力的供应者。这一方面保护了低效率的成员国,另一方面也对非成员国形成歧视,使全球资源不能得到有效配置。第四,不同自贸区协定的规则差异会导致新的贸易摩擦,使国际贸易运行环境变得复杂,争端解决机制难以在统一的标准下实施。第五,自贸区协定的非贸易条款会使贸易条件差的国家处于更脆弱地位,这些国家在经济制度、贸易体系和商业规则等方面与发达国家有很大差距,市场深度开放承受力较弱,导致其在区域经济合作中面临外部冲击,失去自身发展的动力。