引子：横跨四百万年的浩劫

大海。从人类诞生的那一刻起，大海就是人类一直向往着征服的目标。混沌从中诞生，为了争夺制海权，人类将风帆战舰作为武器来试图从敌国的手中夺取每一份制海权。
但我们从未想过，真正的敌人，却来自外太空。
塞壬，一种我们从未见过的生命体入侵了我们的星球。在面对塞壬科技诞生的产物下，一艘艘风帆战舰就如同小孩子的玩具一样被塞壬的舰队随意摧毁、破坏。曾经以无数海军士兵与军官的血换来的制海权顷刻间荡然无存。
通过对曾经在海上发现的不明金属物质的分析与研究，钢铁战舰诞生于这个世界。随后，在通过俘获的塞壬战舰的残骸中，一群名为舰娘的兵器诞生。没有人会想过，是一群被赋予了战舰之力的美少女们将人类对大海的控制权再次夺了回来。碧蓝航线，也成为了一座舰娘们聚集的军港。
长久的斗争终会落下帷幕。人类夺回了曾经属于自己的大部分制海权，海洋上再次落入平静。然而在人类以为一切彻底平静下来只是，浩荡的宇宙，却没有给出一个令人期待的答复，因为在那些不明金属物质的背后，是一场早已积蓄了四百万年之久的恩怨。
你并不需要认识我，你也无须知道我的名字。但你要记住一件事：我的代号叫指挥官，碧蓝航线军港的最高领导者。而我与我的剑娘们，正是这场恩怨的见证者，也将是未来将这场充斥着恩怨的乐章画上休止符的人。