人类与塞壬的战争宣告结束

2024年，名为【碧蓝航线】的反抗军组织费了九牛二虎之力终于将名为【塞壬】的神秘组织彻底击败，塞壬将制海权全部归还人类后便消失在人们的视线中，没有人知道她们去了哪里。当然，这一结果是因为【碧蓝航线】里的一名普通指挥官的功劳，他所指挥的众舰娘都会被写入人类的不屈斗争的史书中，然而在战争一结束后，没人知道ta去了哪里。
2027年，【碧蓝航线】和【赤色中轴】两大组织组成了地球上的联合政府，用以维护这来之不易的和平。这本该是美好的，可惜却被打破了......
2028年，在白鹰首都纽约的世贸中心大楼发生了一起恐怖袭击，联合政府中的一名名为摩登的元帅得知他的妻子和女儿在这场恐怖袭击丧生后立刻夺取大部分权利并成功叛变，组建了一支名为【摩登军】的军事组织。剩下的联合政府人员则组织了名为【正规军】的军事组织。双方的大战便拉开了序幕。
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2031年，某不知名岛屿，摩登军的总基地，作战指挥室
“摩登元帅，塞壬旧基地的遗迹找到了，请过目这些资料。”一位有着一头粉色长发且五官端正的身着绿色军服、带着军帽的美丽优雅的女性军官抱着一叠资料推门而入。
“阿比盖尔啊，辛苦你了。快进来吧。”摩登招呼她进来后并接过她手中的资料，“干得不错，阿比盖尔。艾伦-奥尼尔，你去召集一些精良士兵，我们等会就前往塞壬的旧基地。”
“是，元帅！”名为艾伦-奥尼尔的壮汉简单说了这三个字后便飞也似地离开了这里，实在令人难以相信。
“元帅，有个消息还没跟你说。”
“说来听听。”
“据侦察的士兵说，那里似乎有过火星教授的痕迹......而且托勒密军和正规军也正在前往了这里。”
“真是晦气啊，那就看看谁会得到这个遗迹吧，哈哈哈哈哈哈！”
“是时候该给他们一点颜色瞧瞧了。”
“你说得对，阿比盖尔，你去通知一下你妹妹碧翠丝及其他部队作为支援部队，再帮我问问艾玛研制的究极兵器怎么样了。”
“是，元帅！”阿比盖尔敬了一个礼后便离开了这里。
“没想到，塞壬的力量连火星教授都被迷住了吗，看来局势有意思起来了。如果能碰到还存在的塞壬舰娘的话，说不定我军会得到大加强呢。哈哈哈哈哈哈哈！”